Toute la plante est aromatique, mais le haut des tiges, les sommités fleuries qui contiennent les principes les plus actifs sont la partie la plus utilisée.

Feuilles:
Les feuilles qui peuvent être utilisées fraîches ou séchées sont très minces et sombres avec un goût poivré un peu amer, tenant à la fois de l'estragon, de la sarriette et du romarin, et avec un arrière goût un peu camphré et mentholé. Attention, l'hysope doit toujours être employée en petite quantité.

Fleurs:
Les fleurs sont utilisées dans la composition de la Grande Chartreuse, de liqueurs et de pastis. Avec 17 autres plantes, elles entrent dans la composition du thé suisse.