L'hysope facilite la digestion des viandes et poissons gras.

Quelques feuilles finement hachées relèveront des salades, des salades de pomme de terre ou de lentilles, une farce ou une marinade. Elles accompagneront la cuisson de l'agneau ou d'un civet de lapin, de gibier, d'un rôti de veau, de pâtés de lièvre ou de lapin, de rognons dont elle facilitera la digestion. Elles peuvent aromatiser compotes et gâteaux aux fruits, ou le sirop de sucre servi avec des fruits.

L'hysope est souvent mélangée à d'autres herbes dans des bouquets garnis ou certains mélanges d'herbes de Provence.

En Gascogne, elle entre dans la composition des bouquets garnis utilisés pour parfumer les concentrés de tomate mis en conserve pour l'hiver.